С обретением Независимости Казахстана развитию студенческого спорта стало уделяться большое внимание. В 1992 году был создан Национальный студенческий спортивный союз. Сборные команды студентов Казахстана с 1993 года стали принимать участия во Всемирных Универсиадах. В 2001 году Национальный студенческий спортивный союз был преобразован в Национальный спортивный союз университетов, который в том же году был принят в Международную федерацию университетского спорта (ФИСУ).

 В настоящее время Федерация студенческого спорта Республики Казахстан перерегистрировалась как Объединение юридических лиц, и данный шаг был необходим в связи с расширением деятельности нашей Федерации. Согласно новому Уставу, все ВУЗы имеют право принимать участие на Всемирных зимних и летних Универсиадах, Чемпионатах мира среди студентов по разным видам спорта, во Всемирных студенческих лигах, Чемпионатах Азии среди студентов по разным видам спорта и на международных образовательных форумах по линии FISU, при условии членства данного ВУЗа в Федерации студенческого спорта РК. Это является решением конференции ФСС РК.

Федерация организует работу по подготовке и участию студентов на Республиканских соревнованиях, комплектует сборные студенческие команды для участия на Всемирных Универсиадах, чемпионатах мира среди студентов. По инициативе Федерации в Закон РК «Об образовании» было внесено дополнение, в соответствии с которым, юный спортсмен, занявший призовое место на чемпионатах Казахстана, Азии, Европы получает право внеконкурсного зачисления в ВУЗ по специальности «Физическая культура и спорт».

 Федерация студенческого спорта Казахстана уделяет большое внимание поощрению победителей и призеров Универсиад, а также их тренеров. Так, по инициативе Президента Федерации студенческого спорта, в целях стимулирования студентов-спортсменов, Правительство Республики Казахстан утвердило: студентам-спортсменам, а также их тренерам за высокие результаты на Всемирных Универсиадах установить премиальные выплаты в размере: за золотую медаль – 15000 долларов США; за серебряную медаль – 10000 долларов США; за бронзовую медаль – 5000 долларов США.  Благодаря деятельности Федерации студенческого спорта РК повысилась массовость студенческого спорта, а сборные студенческие команды Казахстана сегодня входят в число сильнейших студенческих команд мира. С 1993 года на Всемирных летних и зимних Универсиадах студентами Казахстана завоевано 186 медалей:  49 золотых, 61 серебряных и 76 бронзовых.  

Федерация студенческого спорта активно пропагандирует продвижение студенческого спорта в Казахстане. В 2015 году ВУЗы Казахстана, объединившись, возобновили работу по спортивным клубам. Эти спортивные клубы, созданные при университетах, в свою очередь создали студенческие лиги по видам спорта, которые включены в программу Всемирных Универсиад и Чемпионатов мира среди студентов. Эти студенческие лиги делятся на осенний и весенний сезон и проводятся при  поддержке Министерства образования и науки РК и Федерации студенческого спорта РК с участием высших учебных заведений Казахстана.